尽管中药产业享受国家多项政策扶持，但仍然面临诸多问题。我国中医药的标准规范化程度低，中药产业也缺乏具备竞争力的大型企业，研发投入不足。而且，直到现在，我国还未建立起一个适合中药发展特点的质量标准体系，政府监督也不够透明有效。

尽管享受多项政策优惠，我国中医药产业仍然面临发展瓶颈。中药产业一直是我国的传统优势产业，它具有几千年悠久历史，是中华民族的瑰宝，多年来，中药都以其产量多、分布广、毒副作用小等优势占据着我国医药产业的半壁江山，但是另一方面，我国对中药产业的重视程度不足，中药产业的技术标准体系也不健全，导致中药产业发展缓慢。

近年来，我国的中药产业渐渐迎来了希望的曙光。2006年，国家出台《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》，要求在中药产业中重点开展理论创新和研究；2007年，《中医药创新发展规划纲要》指出要建立中医药标准规范体系；2009年以来，新医改的推进使我国中药的发展有一个质的飞跃。

从《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》到《医药卫生体制改革重点实施方案》再到《国务院关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》，我国提出要坚持中西医并重的方针，充分发挥中医药作用，并扶持有条件的中医药企业、医疗机构、科研院所和高等院校开展对外交流合作，将中医药推向世界。

而这些政策不但表明政府将逐步增加对中医药产业的投入，扶植中药产业的建设，还从根本上保护中药企业的发展，有利于整个中药产业水平的提升。从这些政策对相关中药生产企业的影响来看，《意见》中提到的“加强对中药资源的保护和可持续发展”，这对拥有丰富原材料的中药企业构成利好，“加大对行业驰名商标保护力度，扶持中药企业开拓国际市场”，则对知名度高的传统中药品牌有利好的影响。而“加强对中药饮片和中药材的流通监管”则对我国中药饮带来新的发展机会。

尽管如此，我国中药产业仍然面临诸多发展瓶颈。虽然我国是中药传统国家，但是在中药科技上还是一个弱国。我国每年人均用药仅为发达国家的几十分之一，而且医药工业生产的医药品种约95%是仿制国外品种，中药出口额也不足国际中草药市场的十分之一，在这种情况下，我国很难承受国外“洋中药”的冲击。